융커스식 2행정 엔진은 특수한 설계의 엔진으로 4행정은 물론 다른 2행정 디젤 엔진과도 완전히 다른 구조로 되어 있다. 연소실은 단일식 연소실로 되어 있으며 실린더 중앙부가 연소실로 되어 있다. 그리고 흡입 밸브와 배기 밸브가 없으며 연료의 분사 밸브만이 있고 피스톤은 상하로 마주보고 2개가 장치되어 있다. 연소실의 위쪽에 있는 피스톤을 상피스톤, 아랫쪽에 있는 것을 하피스톤이라고 하며, 상하가 함께 각각의 컨넥팅 로드에 의해서 크랭크축에 연결되어 있다. 상피스톤에는 소기 펌프 피스톤이 달려 있어서 상하 2개의 피스톤은 서로 반대 방향으로 운동한다. 상피스톤이 실린더 최상단의 상사점, 하피스톤은 실린더 최하단의 하사점으로부터 운동을 시작하여 가장 가깝게 접근하였을 때에 중앙부에는 약간의 공간이 생긴다.